Στον επιστημονικό τομέα , το μπλε του μεθυλενίου είναι γνωστό ως χλωριούχο μεθυλοθειονίνη, είναι μια χρωστική ουσία που χρησιμοποιείται ως βαφή για να χρωματίζει ορισμένα μέρη του σώματος ενός ατόμου, πριν ή κατά τη διάρκεια της χειρουργικής επέμβασης. Οι γιατροί το χρησιμοποιούν βασικά ως αντισηπτικό και εσωτερικό καυτηριασμό.
Χρησιμοποιείται επίσης ως βαφή σε λεκέδες για παρατηρήσεις που πραγματοποιούνται μέσω μικροσκοπίου και για τη βαφή των αποτελεσμάτων σε εργαστήρια, καθώς έχει την ικανότητα να χρωματίζει τα ούρα και τα κόπρανα. Τέλος, χρησιμοποιείται επίσης στη θεραπεία για τη μείωση της μεθαιμοσφαιρίνης. Μεταξύ των χαρακτηριστικών του είναι ότι είναι ένα στοιχείο που αποτελείται από κρύσταλλα, με έντονο σκούρο πράσινο χρώμα, δεν έχει οσμή και δεν μεταβάλλεται από τον αέρα.
Μπορεί να διαλυθεί εύκολα σε νερό και συνετά σε αλκοόλ και όταν έρχεται σε επαφή μαζί τους, το χρώμα του μετατρέπεται σε βαθύ σκούρο μπλε, χρησιμοποιείται επίσης για την καταπολέμηση του μύκητα των νυχιών, μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη βαφή λευκών ρούχων, όταν είναι αρχίζει να κιτρινωπό.
Στην υδατοκαλλιέργεια, χρησιμοποιείται ευρέως για τη θεραπεία λοιμώξεων σε τροπικά ψάρια, είναι πολύ αποτελεσματικό στην καταπολέμηση του πρωτοζωικού παρασίτου, το οποίο προκαλεί λοιμώξεις στα ψάρια. Βασικά χρησιμοποιείται για τη φροντίδα των αυγών που έβαλαν πρόσφατα τα ψάρια, έτσι ώστε να μην μολυνθούν από βακτήρια ή μύκητες, είναι πολύ χρήσιμο εάν θέλετε να επωάσετε τεχνητά τα αυγά. Οι άνθρωποι μπορούν να αγοράσουν μπλε μεθυλενίου χωρίς ιατρική συνταγή, γενικά χρησιμοποιείται ως τοπικό αντισηπτικό.