Αντιπροσωπεύουν την ένωση δύο ή περισσοτέρων αμινοξέων μέσω σύνδεσης μεταξύ του αρχικού και των πεπτιδίων. Σε προϊόντα και σε πρωτεΐνες, αυτοί οι δεσμοί σχετίζονται με πεπτιδικούς δεσμούς και το αποτέλεσμα της αντίδρασης της καρβοξυλικής ομάδας, με την αμινομάδα άλλης, με την απομάκρυνση ενός μορίου νερού.
Ο πεπτιδικός δεσμός (-CO-NH-) αντιπροσωπεύεται συνήθως ως ένας απλός δεσμός. Χωρίς ωστόσο, έχει έναν αριθμό χαρακτηριστικών που προσεγγίζουν ως διπλό δεσμό. Δεδομένου ότι το άζωτο είναι λιγότερο ηλεκτροαρνητικό από το οξυγόνο, ο δεσμός CO έχει χαρακτήρα διπλού δεσμού 60% ενώ ο δεσμός CN είναι 40%. Επομένως, οι δεσμοί CO και NC του πεπτιδικού δεσμού έχουν ενδιάμεσα χαρακτηριστικά μεταξύ του απλού δεσμού και του διπλού δεσμού. Στην πραγματικότητα, οι διατομικές αποστάσεις που μετρώνται στους δεσμούς CO και CN είναι ενδιάμεσοι μεταξύ των απλών συνδέσεων και του διπλού δεσμού. Αυτή η ατομική διάταξη σταθεροποιείται από συντονισμό, έτσι ώστε τα έξι άτομα που εμπλέκονται στο σχηματισμό του πεπτιδικού δεσμού να περιέχονται στο ίδιο επίπεδο.
Μια άλλη σημαντική συνέπεια του συντονισμού είναι ότι αυξάνει την πολικότητα του πεπτιδικού δεσμού και δημιουργεί μια διπολική ροπή (σωστή εικόνα στον παραπάνω πίνακα). Για το λόγο αυτό, κάθε πεπτιδικός δεσμός μπορεί να συμμετέχει σε δύο δεσμούς υδρογόνου. Σε ένα από αυτά, η ομάδα -ΝΗ- δρα ως δότης υδρογόνου και στην άλλη, η ομάδα -CO- δρα ως υποδοχέας υδρογόνου. Αυτή η ιδιότητα συμβάλλει σημαντικά στην τρισδιάστατη αναδίπλωση πρωτεϊνών, όπως θα δούμε αργότερα.
Η μερική φύση του διπλού δεσμού αποτρέπει την ελεύθερη περιστροφή του δεσμού που ενώνει τα άτομα C και N στον πεπτιδικό δεσμό. Αυτή η ακαμψία του διπλού δεσμού περιορίζει τις δυνατότητες διαμόρφωσης των πεπτιδίων. Υπάρχουν δύο πιθανές διαμορφώσεις:
- Διαμόρφωση Cis: τα δύο Ca βρίσκονται στην ίδια πλευρά του διπλού δεσμού.
- Trans διαμόρφωση: τα δύο Ca βρίσκονται σε διαφορετική πλευρά του διπλού δεσμού.
Πρέπει να σημειωθεί ότι, γενικά, ο πεπτιδικός δεσμός αντιπροσωπεύεται ως ένας απλός δεσμός. Σε κάθε περίπτωση, έχει πολλά χαρακτηριστικά που το κάνουν κοντά σε έναν διπλό δεσμό. Αυτός είναι ο λόγος για τον οποίο οι ειδικοί αναφέρουν γενικά ότι ένας πεπτιδικός δεσμός έχει ιδιότητες που τον τοποθετούν στη μέση μεταξύ ενός απλού δεσμού και ενός διπλού δεσμού.
