Στα οικοσυστήματα, η αλληλεπίδραση μπορεί να προέρχεται από στοιχεία του ίδιου είδους, διατηρώντας την ίδια διατροφή ή μοιράζοντας το ίδιο περιβάλλον, αυτός ο τύπος αλληλεπίδρασης ονομάζεται intraspecific. Ενώ η σχέση εμφανίζεται μεταξύ δύο διαφορετικών ειδών, ονομάζεται διεπιλεκτική και είναι αυτή που προέρχεται μεταξύ φυτών και εντόμων.
Οι ενδοειδικές αλληλεπιδράσεις (στοιχεία του ίδιου είδους) μπορεί να είναι προσωρινές ή αόριστες, αυτό το είδος αλληλεπίδρασης μπορεί να είναι ευνοϊκό, εάν υπάρχει συνεργασία μεταξύ των εμπλεκόμενων οργανισμών με στόχο την απόκτηση τροφής και την υπεράσπιση του είδους από περιβαλλοντικούς κινδύνους (κρύο, θερμότητα, αρπακτικά, μεταξύ άλλων).
Οι ειδικές αλληλεπιδράσεις (στοιχεία διαφορετικών ειδών) είναι σημαντικές καθώς ευνοούν τη δομή του συστήματος.
Ομοίως, υπάρχουν και άλλοι τύποι αλληλεπιδράσεων εντός του οικοσυστήματος, μερικοί από αυτούς είναι:
Ουδετερότητα: είναι αυτό που προέρχεται μεταξύ δύο ειδών, χαρακτηρίζεται επειδή κανένα από τα δύο μέρη δεν ωφελείται ούτε βλάπτεται.
Αμοιβαιότητα: αυτή η αλληλεπίδραση επιτρέπει σε άτομα διαφορετικών ειδών να επωφεληθούν και να βελτιώσουν τις βιολογικές τους ικανότητες.
Συμβίωση: είναι αυτή που προέρχεται από δύο ή περισσότερα είδη, με υποχρεωτικό τρόπο και όπου ο καθένας ωφελείται στη ζωτική του ανάπτυξη. Οι οργανισμοί που εμπλέκονται στη συμβίωση ονομάζονται symbionts.
Διευκόλυνση: είναι μια στην οποία προτιμά τουλάχιστον ένα από τα είδη.
Αρπακτικά: είναι ένα όπου ένα είδος πιάνει και τρέφεται με ένα άλλο. Ένα άτομο μπορεί να είναι θηρευτής πολλών ειδών και να είναι θύμα άλλων. Αυτό το είδος αλληλεπίδρασης μεταξύ των αρπακτικών και του οικοσυστήματος είναι σημαντικό, δεδομένου ότι οι αρπακτικοί διατηρώντας τον αριθμό των θεμάτων ενός είδους υπό έλεγχο, προστατεύουν το οικοσύστημα από μια ανισορροπία. Για παράδειγμα, ο αετός τρέφεται με ποντίκια και αυτά, με τη σειρά του, σε μερικά φυτά. Εάν αυτός ο θηρευτής εξαφανιστεί, ο πληθυσμός των τρωκτικών δεν θα μπορούσε να μειωθεί και αυτό θα μείωνε τον πληθυσμό των φυτών.
Παρασιτισμός: σε αυτό το είδος αλληλεπίδρασης, το ένα είδος προτιμάται και το άλλο δεν είναι. συνήθως το παράσιτο είναι μικρότερο από τον ξενιστή. Είναι μια διαδικασία που χαρακτηρίζεται από το γεγονός ότι ένα είδος αυξάνει την ικανότητά του να επιβιώνει χρησιμοποιώντας άλλα είδη για να καλύψει τις ανάγκες του.