Οι αναερόβιοι οργανισμοί είναι εντελώς αντίθετοι με τους αερόβιους οργανισμούς, δεν χρησιμοποιούν το διατομικό οξυγόνο για ανάπτυξη, μεταβολισμό και διαφοροποίηση, αυτοί λειτουργούν με διαφορετική ένωση, δημιουργώντας μια υποκατάταξη εάν οι εν λόγω μικροοργανισμοί λειτουργούν με μια χημική ένωση που ονομάζεται πυροσταφυλικό Ο μεταβολισμός είναι ζυμωτικός (χρησιμοποιούν ζύμωση), από την άλλη πλευρά, είναι μια άλλη ουσία διαφορετική από το πυροσταφυλικό εάν λέει ότι είναι ένας οργανισμός που ασκεί την αναερόβια αναπνοή.
Η ζύμωση συνίσταται στην απόκτηση χημικής ενέργειας από μια καταβολική διεργασία και ημιτελή ή ημιτελής οξείδωση μιας οργανικής ένωσης, σύμφωνα με το τελικό προϊόν της μπορεί να ταξινομηθεί σε αλκοολική ζύμωση δεδομένου ότι παράγει αιθανόλη, η γαλακτική ζύμωση παράγει γαλακτικό οξύ, βουτυρική ζύμωση, μεταξύ άλλων · Από την πλευρά της, οι αναερόβιες αναπνευστικές συσκευές αποτελούνται από μια αλυσίδα μεταφοράς για ηλεκτρόνια συνήθως παρόμοια με εκείνη της αερόβιας αναπνοής, αλλά αντί του τελικού δέκτη είναι οξυγόνο, στην περίπτωση αυτή θα ήταν οποιαδήποτε ένωση ανόργανου χαρακτήρα.
Ακριβώς όπως υπάρχουν αερόβια βακτήρια, υπάρχουν επίσης αναερόβια βακτήρια που μπορούν να ζήσουν χωρίς οξυγόνο, μερικά από αυτά βρίσκονται μέσα στο ανθρώπινο σώμα σε μέρη όπου δεν υπάρχει παρουσία οξυγόνου, όπως στο παχύ έντερο όπου λειτουργούν ως βακτήρια. Τα κόπρανα, σύμφωνα με την αντίστασή του στο οξυγόνο, μπορούν να ταξινομηθούν ως: υποχρεωτικά αναερόβια βακτήρια, αυτά δεν μπορούν να αναπτυχθούν σε περιοχές όπου υπάρχει οξυγόνο, καθώς είναι επιβλαβές και μπορεί να προκαλέσει την εξάλειψή του, τα αεροδιαλυτικά βακτήρια δεν θα χρησιμοποιήσουν ποτέ οξυγόνο για τις μεταβολικές διαδικασίες τους αλλά μπορεί να ζήσει σε οξυγονωμένα περιβάλλοντα, προσθετικά αναερόβιαΜπορούν να χρησιμοποιήσουν οξυγόνο ως τον τελικό δέκτη ηλεκτρονίων, αλλά εάν βρίσκονται σε περιβάλλοντα όπου δεν υπάρχει οξυγόνο, χρησιμοποιούν την οδό ζύμωσης.
