Ετυμολογικά η λέξη αντιγόνο είναι ελληνικής προέλευσης. Το πρόθεμα "anti" που σημαίνει αντίθετο και "geno" που αναφέρεται στη δημιουργία. Το αντιγόνο είναι αυτή η ουσία που, όταν εισάγεται στο σώμα, το προκαλεί να κάνει αντισώματα για να το καταπολεμήσει. Παράδειγμα: ιοί, μύκητες, παράσιτα κ.λπ. Τα αντιγόνα είναι σχεδόν πάντα ξένα και τοξικά σωματίδια που, όταν εισέρχονται αμέσως στο σώμα, συνδέονται με ένα συγκεκριμένο αντίσωμα, αυτό το αντίσωμα έχει την ικανότητα να το καταστρέφει.
Υπάρχουν και άλλες απόψεις σχετικά με το τι μπορεί να είναι ένα αντιγόνο, λέγεται ότι είναι ένα ειδικό μόριο που προκαλεί μια απόκριση στο ανοσοποιητικό σύστημα μέσω της ενεργοποίησης των λεμφοκυττάρων, αυτές είναι συνήθως πρωτεϊνικής προέλευσης αν και μπορούν επίσης να είναι υδατάνθρακες. Για να ταξινομήσουμε τα αντιγόνα πρέπει να γνωρίζουμε τη φύση τους, αφού προσδιορίσουμε την προέλευσή τους, μπορούμε να τα ταξινομήσουμε με τον ακόλουθο τρόπο. Τα εξωγενή αντιγόνα είναι εκείνα που εισέρχονται στο σώμα από έξω, για παράδειγμα μέσω ένεσης, εισπνοής ή μέσω της πρόσληψης.
Τα ενδογενή αντιγόνα είναι εκείνα που έχουν παραχθεί στο κέντρο ενός κυττάρου λόγω ιογενών και βακτηριακών λοιμώξεων, όταν αυτό το αντιγόνο υπάρχει μέσα στο κύτταρο αναγνωρίζεται από τα λεμφοκύτταρα ενεργοποιήθηκαν και άρχισαν να εκκρίνουν μια απώλεια χρόνου τοξίνης ο θάνατος του μολυσμένου κυττάρου. Τα αυτοαντιγόνα είναι εκείνα που αναγνωρίζει το ανοσοποιητικό σύστημα και συμβαίνει συχνά σε ασθενείς που πάσχουν από κάποιο είδος αυτοάνοσης νόσου. Τα αντιγόνα όγκου είναι εκείνα που βρίσκονται στην επιφάνεια των όγκων.
