Οι κατακόμβες εμφανίστηκαν με αναφορά στις κατακόμβες της Ρώμης, ένα όνομα που δόθηκε αρχικά σε ένα αρχαίο νεκροταφείο που βρίσκεται όχι μακριά από τον Appian Way. Το νεκροταφείο των Αθώων (κοντά στο Saint-Eustache, στην περιοχή Les Halles) είχε ήταν σε χρήση για σχεδόν δέκα αιώνες και είχε γίνει μια πηγή της μόλυνσης για τους ντόπιους. Μετά από πολλές καταγγελίες, το Συμβούλιο της Επικρατείας αποφάσισε, στις 9 Νοεμβρίου 1785, να απαγορεύσει τη μετέπειτα χρήση του Νεκροταφείου των Αθώων και να εξαλείψει το περιεχόμενό του.
Τα μη χρησιμοποιημένα λατομεία επιλέχθηκαν για να παραλάβουν τα υπολείμματα. η πόλη του Παρισιού μόλις ολοκλήρωσε μια γενική επιθεώρηση των λατομείων για να ενισχύσει τους δημόσιους δρόμους που υπονόμευσαν. Οι κατασκευαστικές εργασίες πραγματοποιήθηκαν στο λατομείο «Tombe-Issoire», χρησιμοποιώντας μεγάλες ποσότητες πέτρας, ενισχύοντας τις στοές και ολοκληρώνοντας ανασκαφώντας μια σκάλα, πλαισιωμένη από ένα λάκκο στο οποίο μπορούσαν να πεταχτούν τα οστά.
Η μεταφορά των λειψάνων θα μπορούσε να ξεκινήσει μετά την ευλογία και τον καθαρισμό του τόπου στις 7 Απριλίου 1786, και συνεχίστηκε μέχρι το 1788, πάντα το σούρουπο και μετά από μια τελετή στην οποία μια πομπή ιερέων με πλεόνασμα τραγούδησε την υπηρεσία των νεκρών. κατά μήκος του δρόμου από τα καροτσάκια φορτωμένα με κόκαλα, τα οποία ήταν καλυμμένα με μαύρο πέπλο. Στη συνέχεια, μέχρι το 1814, ο χώρος έλαβε τα ερείπια όλων των νεκροταφείων στο Παρίσι.
Υπήρχαν άλλοι λόγοι που οδήγησαν στην επιλογή των υπόγειων ανασκαφών. Στους Χριστιανούς, η αίσθηση της κοινότητας ζούσε με μεγάλη δύναμη: ήθελαν επίσης να είναι μαζί στο « όνειρο του θανάτου ».
Σύμφωνα με τον ρωμαϊκό νόμο, απαγορεύτηκε η ταφή των νεκρών στα τείχη της πόλης, όλες οι κατακόμβες βρίσκονταν κατά μήκος των μεγάλων προξενικών δρόμων και, γενικά, στα προάστια της εποχής.
Οι Κατακόμβες του Παρισιού άνοιξαν ξανά στις 14 Ιουνίου 2005, μετά από αρκετούς μήνες κλεισίματος για κατασκευή. Ο φωτισμός έχει ρυθμιστεί, οι θόλοι έχουν ενισχυθεί και τα τοιχώματα των οστών επανατοποθετηθούν.
