Η Μετακλασική Εποχή, που ονομάζεται επίσης η τελευταία περίοδος της προ-Ισπανικής ιστορίας, αναστάλθηκε από την εισβολή των Ισπανών στο μεσοαμερικανικό έδαφος και την επακόλουθη κατάκτηση και τον αποικισμό του Μεξικού. Ενώ εκατομμύρια Μάγια πέθαναν ή τουλάχιστον εξαφανίστηκαν κατά τα χρόνια της κατάρρευσης της Κλασικής εποχής, ο πολιτισμός των Μάγια δεν εξαφανίστηκε εντελώς.
Οι μεγάλες πόλεις των νότιων πεδινών εγκαταλείφθηκαν και οι υπόλοιπες Μάγια έφεραν τον πολιτισμό τους στο βόρειο Γιουκατάν, όπου εγκαταστάθηκαν. Σιγά-σιγά, έχτισαν νέες πόλεις. Οι άλλες πόλεις των Μάγια που εγκαταστάθηκαν ήδη επεκτάθηκαν. Η ζωή και η κοινωνία των Μάγια συνεχίστηκαν με μια αλλαγή στην έμφαση από τη βαθιά θρησκευτικότητα της Κλασικής περιόδου σε μια πιο κοσμική κοινωνία που επικεντρώθηκε στην οικονομική ανάπτυξη και την ευημερία. Αυτός ο πολιτισμός συνεχίστηκε μέχρι την άφιξη των Ισπανών τον 16ο αιώνα.
Οι μεγάλες πόλεις της Postclassic εποχής περιλαμβάνουν Chichen Itza,, Uxmal, και Μαϊγιαπάν. Άλλες πόλεις των Μάγια στο βόρειο Μπελίζ, όπως η Santa Rita, η Colba και η Lamai, επίσης, άκμασαν, όπως και ορισμένες ομάδες των Μάγια στην περιοχή Petén της Γουατεμάλας στο Tayasal και στο Zacpeten.
Η Yucatan Μάγια, όμως, είχε κάποιες δύσκολες προκλήσεις για να ξεπεραστούν, όπως η μετακίνηση από ένα τροπικό δάσος περιβάλλον με τη μεγαλύτερη ξηρασία Γιουκατάν του κλίματος. Το Yucatán Maya κατάφερε να αλλάξει την εξάρτησή τους από ταμιευτήρες επιφανειακών υδάτων, για τη χρήση πόρων υπόγειων υδάτων, όπως υπόγειες λεκάνες και καταβόθρες γνωστές ως cenotes. Το Cenote Sagrada εξακολουθεί να είναι ένα ιερό πηγάδι στους χώρους Chichén-Itzá. Στην επιφάνεια, το Yucatan διατηρεί το νερό του υπόγεια, επιτρέποντας στους Μάγια να ανθίσουν.
Ενώ οι Μάγια της μετακλασικής περιόδου απομακρύνθηκαν γενικά από τη θρησκευτική κυριαρχία της ιεροσύνης και τη θεϊκή κυριαρχία των βασιλέων, έγιναν πιο προσεκτικοί στους θεούς της βροχής, λόγω της ξηρότητας του Γιουκατάν. Τα γλυπτά του «Chac», του θεού της βροχής των Μάγια, καλύπτουν τα κτίρια των πόλεων της μετα-κλασικής περιόδου, ειδικά του Uxmal.
Οι Μάγια ήρθαν υπό την επιρροή των Τολτέκων, ενός λαού που μετακόμισε στην περιοχή από το Μεξικό μετά την πτώση του Teotihuacan. Τα γλυπτά και το αρχιτεκτονικό στιλ αντικατοπτρίζουν αυτήν την επιρροή, όπως και οι Μάγια που θυσιάζουν τον θεό βροχής του Τολτέκ, Τλάλοκ, μαζί με τον Τσακ. Οι μελετητές δεν έχουν ακόμη ανακαλύψει την ακριβή πολιτική και κοινωνική σχέση των Μάγια και των Τολτέκων, αλλά και οι δύο πολιτισμοί επηρέασαν τον άλλο.
Το Chichén-Itzá κυριάρχησε στο Yucatán κατά τα πρώτα μετακλασικά χρόνια από το 900 π.Χ. έως το 1250. Μετά την παρακμή του Chichén-Itzá, η αντίπαλη πόλη της, Mayapán, έγινε κυρίαρχη. Οι Μάγια θα μπορούσαν να έχουν πάρει το όνομά τους από αυτήν την υπέροχη μετακλασική πόλη. Το θαλάσσιο εμπόριο γύρω από το Yucatán αυξήθηκε κατά τα τελευταία χρόνια του Postclassic, από το 1250 έως την άφιξη των Ισπανών.
